Interdetta innanzi alle centinaia di persone che la stanno fissando, decide di inseguire nel bosco il celeberrimo coniglio che aveva già visto in precedenza: il Bianconiglio. Dopo una breve corsa la ragazza vede il roditore gettarsi in un grande buco nel terreno ai piedi di un piccolo arbusto. Curiosa, si sporge per capire dove questa buca porti, ma nel farlo perde l'equilibrio e vi cade dentro.

Dopo una la lunga caduta, Alice si trova in un'ampia stanza, beve la fialetta con sopra scritto "Bevimi" che la fa rimpicciolire, così da consentirle di passare attraverso una piccola porta, anche se, come capita nel classico, deve prima ritornare grande grazie ad un pezzo di torta "Mangiami", in modo da prendere la chiave lasciata sul tavolino. Dalla stanza può sentire le voci del Dodo, del Ghiro e del Bianconiglio. Uscita dalla minuscola porta si ritrova in un giardino, dove ci sono il Bianconiglio, il Ghiro, il Dodo, Pancopinco e Pincopanco che parlano di lei come di una salvatrice, chiamando il paese delle Meraviglie "Sottomondo". Alcuni di questi appaiono però dubbiosi e non vedono in lei la vera "Alice".

Turbati dal dubbio, il gruppo si reca dal Brucaliffo, che gli mostra l'Oraculum, una pergamena magica capace di illustrare gli avvenimenti futuri, che mostra alla piccola compagnia di eroi che il destino di Alice è quello di uccidere il Ciciarampa, nel Giorno gioiglorioso, un mostro sanguinario simile a un drago al servizio della Regina Rossa, ma dice anche che la ragazza "prelevata" dal Bianconiglio non assomiglia quasi affatto alla vera "Alice".

Di tutto ciò la ragazza capisce sempre meno, ma ad un tratto vengono aggrediti dal Grafobrancio, trattenuto da delle carte di cuori capeggiate dal malvagio Fante di Cuori. Alice rimane paralizzata davanti alla besta, nel mentre il Ghiro distrae il Grafobrancio cavandogli l'occhio e Alice riesce a fuggire con Panco pinco e Pinco panco, ma i gemelli vengono catturati presto dall'Uccello Ciacià.

Nel frattempo, nel suo castello, la perfida Regina Rossa accusa uno dei suoi schiavi di aver rubato tre crostate, gli fa tagliare la testa. Il Fante di Cuori entra nella stanza e le dà l'Oraculum. La Regina Rossa, infuriata dal fatto che il Ciciarampa sarebbe stato ucciso da "Alice", incarica il suo fido servitore di trovare la ragazza.

La ragazza sta ancora scappando quando incontra nella foresta lo Stregatto, che dopo averla riconosciuta la conduce nel giardino del Cappellaio Matto e del Leprotto Marzolino per curare le sue ferite. Vengono tutti però catturati (tranne lo Stregatto) dalle forze della Regina Rossa, ma il Cappellaio riesce a salvarla in tempo rimpicciolendola e lanciandola via con il suo cappello.

Alice allora raggiunge il castello della Regina Rossa e, mangiando dell'avanzata tortina "mangiami", cresce alta due metri e viene accolta per un periodo al castello della Regina Rossa (sotto il nome di "Ehm"): qui ha il modo di restituire l'occhio al Grafobrancio, domandolo, e di prelevare la chiave dal collo della bestia per aprire una cassa in cui è custodita la spada Bigralace che avrebbe ucciso il Ciciarampa. In seguito, scoperta, Alice scappa in groppa al Grafobrancio per recarsi al castello della Regina Bianca, la sorella buona della perfida Regina Rossa, con la spada e l'oraculum. Qui scopre il significato del vero amore e realizza che dovrà combattere la Regina Rossa, le carte di cuori e il Ciciarampa, per liberare il Paese delle Meraviglie dalla Tirannia.

Durante la giustiziazione del Capellaio e del Ghiro al castello (scoperti come traditori), il Cappellaio riesce a liberarsi anche grazie all'aiuto dello Stregatto e a sollevare una prima ribellione del popolo nei confronti della Regina Rossa. Il Cappellaio e gli altri protagonisti "buoni" del Sottomondo riescono a raggiungere il castello della Regina Bianca. Mentre si preparano per la battaglia, il Brucaliffo s'imbozzola prima di dare utili consigli ad Alice.

Giunti al giorno gioiglorioso, lo scontro finale avviene sopra un'altura dal pavimento che ricorda una scacchiera: da una parte vi è lo schieramento della Regina Bianca con le sue pedine degli scacchi bianchi e il Grafobrancio, mentre dalla parte opposta, in egual numero, c'è l'esercito di carte di cuori della Regina Rossa. La sfida tra Alice e il Ciciarampa ha dunque inizio e si conclude con la vittoria della ragazza, che uccide il mostro tagliandogli la testa, mentre il cappellaio matto sottomette il Fante di Cuori, e l'Uccello Cicicià viene ucciso. La Regina Rossa, in seguito alla ribellione dei suoi soldati perde quindi la corona che va alla Regina Bianca, la quale ordina l'esilio eterno per la sorella malvagia in compagnia del disperato Fante di Cuori.

Alla fine della lotta, Alice decide di bere il sangue del Ciciarampa tornando così nel "suo" mondo, rifiutando la possibilità di restare per sempre nel Paese delle Meraviglie come il Cappellaio, invece, si augurava.

Nella vita reale il tempo non sembra essere passato, e Hamish Ascot è ancora in ginocchio in attesa della risposta di Alice circa la possibilità di sposarlo. La ragazza rifiuta il matrimonio perché non si sente ancora pronta e decide di portare a termine il lavoro d'affari lasciato incompiuto dal padre, partendo quindi per nuove avventure a bordo di una nave, vedendo una farfalla blu: il Brucaliffo.